Povodeň v červnu 2013 v Rudníku a okolí způsobily hlavně potoky. Pod hladinu vody se během chvíle dostaly zahrady, sklepy a rodinné domy. Obyvatele překvapila říčka Čistá, levý přítok od obce nedaleko vzdáleného Labe.
Povodeň dosáhla vrcholu po 4 hodinách, které stačily k tomu, aby okolí koryt potoků v Rudníku skončilo zdevastované. Bylo ohroženo 6 lidí na životech, kdy musel zasahovat záchranářský vrtulník.
Došlo k poničení silnic, mostků, k sesuvům půdy. Voda poškodila rodinné domy, auta, ale i obecní majetek, zatopila i místní obecní úřad.
Také v minulosti bylo Podkrkonoší postiženo velkou povodní, která na některých tocích či jejich částech dosáhla, nebo i přesáhla úroveň stoleté vody. K velkým škodám došlo v Rudníku a Arnultovicích v povodí již zmíněné Čisté a jejich přítoků. Zde byla na mnohých místech zatopena údolí v celé šířce, znamená to od svahu ke svahu, takže byly zatopeny prakticky všechny níže ležící domky, sklepy, garáže a zahrady od Javorníku až po Hostinné. Na mnoha místech byla zatopena i silnice a voda přetékala horem i přes většinu mostů a můstků – asi deset z nich bylo silně poškozeno, včetně strženého zábradlí. Na rozdíl od ostatních obcí, kde došlo převážně „jen" k zaplavení objektů, zde již voda působila i výmolnou činností a tak došlo na více místech k lokálnímu podemletí břehů a poničení opěrných zdí, vymletí erozních rýh (takto byly například zničeny tři cesty) a naopak nanesení štěrkových lavic na loukách a v zahradách. Rudník byl poškozen nejvíc v části pod školou.