Zdroji povodňového ohrožení na katastrálním území obce Přerov nad Labem jsou jak přirozené povodně, tak bleskové povodně. Severní hranici území lemuje tok Labe a zastavěným územím protéká hned několik ohrožujících toků – Kounický potok, Zámecký potok, Semický potok nebo vodoteč „Pod Hůrou". Svah Přerovská Hůra navíc napomáhá vzniku bleskových svahových povodní, které ohrožují i zastavěnou část obce. V minulosti přirozené povodně zasáhli objekty v obci.