Povodeň v srpnu roku 2006 byla zatím v historii tou nejhorší. Ve večerních hodinách si rozvodněná Jizera vyžádala evakuaci několik desítek lidí v Jablonci nad Jizerou. Překonala i záplavy ze srpna 2002. Přes noc napršelo až sto litrů vody na metr čtvereční. Jizera dosáhla třetího povodňového stupně na svém horním toku, konkrétně v Jablonci nad Jizerou. Hladina řeky vystoupila na 440 centimetrů a začala zaplavovat domy podél toku. Těžké stroje budovaly nebo zpevňovaly hráze, protože pytle s pískem již nedokázaly čelit náporu řeky a mizely v ní. Velká voda zaplavila v Jablonci nad Jizerou továrny a přetekla přes silnici na Jilemnici. Během jedné hodiny stoupla Jizera o 91 centimetrů. Na Semilsku kvůli povodním policisté uzavřeli kromě silnice v Jablonci nad Jizerou také vozovky ze Semil do Jilemnice a ze Semil do Horní Sytové.
V listopadu 2006 řeky pramenící v horách rozvodnil déšť hladiny toků. Jizera dosáhla už v neděli třetího povodňového stupně na svém horním toku, konkrétně v Jablonci nad Jizerou, a dále dolů po toku druhého stupně v Železném Brodě. Na obou zmíněných místech začala ale řeka ráno klesat.
Za vydatného a vytrvalého deště v červenci 2011 řeky v kraji klesaly jen velmi zvolna. Na některých srážkoměrných stanicích v Jizerských horách naměřili za 24 hodin až 147 milimetrů srážek. Jizera v Jablonci nad Jizerou zaznamenala druhý povodňový stupeň.
V červnu 2013 vlivem velmi intenzivních srážek vzrostly průtoky především na horních tocích řek. Nejvíce vody spadlo v Krkonoších a Jizerských horách. Rozvodnily se proto toky, které z nich odtékají. Stav ohrožení byl asi dvě hodiny i na Jizeře v Jablonci nad Jizerou, později už ale řeka výrazně opadla a na řece byl jen první povodňový stupeň.
Fotografie z povodně 2006: