Na katastrálním území Jemnice se nachází několik možných zdrojů ohrožení.
Rychlé odkazy: Bleskové povodně Vodní plochy a vodní díla Místa omezující odtokové poměry
V první řadě to jsou vodní toky, jež jsou nejčastějším zdrojem povodňového ohrožení a dále vodní nádrže – rybníky na těchto tocích.
Od severu k jihu protéká katastrálním územím řeka Želetavka. Přímo ve městě má tento tok místy zpevněné břehy, četně podtéká komunikace a je situován v zastavěném území města. Je zde stanoveno záplavové území a i z historických zkušeností víme, že rozliv řeky přímo ohrožuje některé objekty v blízkosti toku. Na toku je v části města Předlisky (před vtokem do zastavěné části Jemnice) vybudována ochranná hráz vodního díla Červený rybník.
Pravostranným přítokem Želetavky v e městě Jemnice je Manešovický potok (někdy nazýván Třebětický p.), který odvodňuje nemalé území západně severozápadně od Jemnice. Na Manešovickém potoce, stejně jako na jeho drobných přítocích, se nachází několik vodních děl, z nichž za nejvíce ohrožující mohou být považovány rybníky Nový rybník, Pod Vlči horou, Farský a Hříběcí (první dva zmiňované spadají pod k. ú. Jemnice).
V případě maximálního naplnění rybníků mohou v případě protržení hráze způsobit zvláštní povodeň, která bezprostředně ohrozí obec Jemnice i další obce níže. Krom scénáře zvláštní povodně mohou rybníky při nešetrné manipulaci způsobit povodňovou vlnu, která může ohrozit zdraví a životy obyvatel a poškodit jejich majetek.
Pro část Louka představuje ohrožení Budíškovický potok, který kříží zastavěné území obecní části předtím, než vtéká do blízkého rybníka Katovce. V případě rozlivu potoka jsou ohroženy oblasti přilehlé k toku a místní komunikace.
Ohrožující pro město Jemnice mohou být i svahové splachy (extravilánové splachy), které mohou přispět ke zhoršení povodňové situace (zejména z vrchů Javor a Modrácký kopec). Tyto svahové splachy negativně ovlivňují průběh povodně a mohou i sami o sobě výrazně ohrozit zdraví a životy obyvatel nebo poškodit majetek.
Sekundárním jevem povodní v zimních měsících mohou být i ledové jevy. Tající vody se usazuje na terénu, kde nemůže plynule odtékat a tvoří ledovou vrstvu. Ledové jevy mohou nastat i v korytě toků při nedostatečném odtávání ledových ker.