Povodně se v Němčanech vyskytovaly velmi často. V roce 1976 udeřila velká povodeň, kdy se voda dostala i do obytných domů. Větší záplavy z toků se vyskytují v obci jednou za deset let a mezi tím se vrací velké vody z vydatných srážek, kdy dochází k zaplavování pozemků.

I v roce 2009 postihla obec Němčany povodeň. Vlivem splachových dešťů došlo k zaplavení zahrad a sklepů domů.