Město Vroutek nemá v historii evidované žádné katastrofální povodně ve svém správním území. Výjimku tvoří katastrofální povodeň v roce 1872, která zasáhla i městskou část Mukoděly. V noci 25. května 1872 kulminovala v korytě Blšanky zatím poslední katastrofální povodeň. Podle dochovaných povodňových značek se jednalo o průtok vyšší než v současné době stanovený navrhovaný průtok Q = 100. Důvodem extrémních srážek, protržení hrází pěti rybníků v horní části Blšanky, ale také následkem ucpaných, následně provalených dřevěných nekapacitních mostů došlo k obrovským škodám na majetku, i ke ztrátě mnoha lidských životů.

Nicméně povodně se v obci objevují zejména v důsledku intenzivních přívalových dešťů a zasahují takřka všechny místní části. Ohrožující pro tuto lokalitu jsou kromě povodní v důsledku rozlití toků mimo koryto také svahové splachy.

V červnu 2013 ve Vroutku udeřila povodeň. Byly zaplaveny zahrádky, hasiči čerpali vodu z několika sklepů. Voda tam poškodila některé chodníky. V Mukodělích a Vidhosticích preventivně evakuovali několik rodin. Voda tam podle dostupných informací pronikla nejméně do dvou obytných domů.