Obec Semice ležící v nadmořské výšce 179 metrů se rozkládá v labské nížině na úpatí Semické Hůry (227 m. n. m.). S výjimkou Přerovské Hůry je okolní krajina rovinatá. Samotná obec leží na Semickém potoce a severně od obce ve vzdálenosti asi 700 metrů protéká řeka Labe, která zároveň tvoří část hranice katastrálního území obce Semice. Pod současným korytem se ještě nacházejí zbytky starého koryta, které místy vytváří mokřiny. Dalším drobným tokem je vodoteč „Pod Hůrou" tekoucí ze Semic do Nového Přerova – části obce Přerov nad Labem. Všechny toky v oblasti jsou potenciálním zdrojem povodňového ohrožení obce.
V katastrálním území obce se nenacházejí žádná vodní díla, která by výrazně zvyšovala riziko zvláštních povodní. Na území obce Semice je na Labi stanoveno záplavové území.