Z hlediska ohrožení povodněmi identifikujeme na katastrálním území obce Němčice dva významné zdroje povodňového ohrožení. Tím prvním je tok Labe (resp. přirozená povodeň na tomto toku), který lemuje území od severovýchodu k severozápadu a bezprostředně sousedí se zastavěným územím. Tok je zde veden v kapacitním neregulovaném korytu s rozlivovou lagunou na levém břehu. V případě nadměrného zvýšení hladiny prakticky neexistuje způsob jak zamezit vtoku do inundance.
Druhým zdrojem povodňového ohrožení jsou přívalové srážky nebo intenzivní dlouhotrvající s omezenou možnosti vsakování (buď vlivem předcházejícího extrémního sucha, nebo naopak vlivem přesycenosti půdy vodou). Tyto srážky mohou způsobovat rozliv vody v zástavbě v blízkosti odvodňovacích kanálů nebo v místech, kde nebude kapacitně dostačovat kanalizace.